Die Gründung der Handballabteilung führt zurück bis ins Jahr 1925.

Damals hieß der Verein noch „Verein für Leibesübungen“ 1899 e.V. Köln.

Im Herbst 1925 trat der damalige DJK-Meister Kluth als Leichtathlet und Handballer in den Verein ein. Durch seine Initiative wurden in den Wintermonaten Handballspiele als Ergänzungssport betrieben.

Die erste Handballmannschaft bestand aus Leichtathleten, die zunächst nur Freundschaftsspiele bestritten.

Insbesondere waren es Sprinter, wie Heini Esser, Dr. Karl Zörner, Peter Kluth, Peter Michels und Kuschi Neuhaus, die alle samt die 100-Meter unter 11 Sek. absolvieren konnten.

Nach einigen Vorbereitungsspielen gegen den damaligen Ruderclub Germania, der aus den gleichen Gründen sich dem Handballsport verschrieben hatte, bekannte sich der Verein offiziell zum Bereich Handball und konnte mit Karl Benesch, der den Fußball für den Handballsport aufgab, ein weiteres Mitglied gewinnen.

Verstärkt durch den ehemals westdeutschen Repräsentativen Peter Franssen wurde in den Jahren 1926/1927 auf Anhieb die Meisterschaft in der Anfängerklasse gewonnen und damit der Aufstieg in die erste Kreisklasse.

In den darauffolgenden Jahren übernahm Peter Franssen die Leitung der Abteilung. Weitere Erfolge konnten verbucht werden.

Nicht allein, dass die Abteilung auf drei Senioren- und eine Jugendmannschaft anwuchs, wurde in einem spannungsreichen Spiel auf dem MSV-Platz in Mülheim gegen die in Hochform befindlichen Schwimmer von Sparta Köln ein 4:1 in der Aufstellung: Dr. Zörner, Peter und Hermann Franssen, E.Bauer, Willi Krämer, Willi Hoffmann, Otto Duell, Erst Bülow, Peter Kluth und Karl Benesch der Aufstieg in die nächsthöhere Klasse erkämpft.

Dieses Spiel, in dem der damalige Nationaltorwart Dr. Zörner die beste Leistung bot, fand vor fast 3000 Zuschauern statt.

Im Jahr 1929 erreichte die 1.Mannschaft den nächsten Aufstieg in die höchste Spielklasse, die Gauliga.

Durch eine Änderung der Klasseneinteilung fand sich die 1.Herren in der Saison 1930 allerdings in der Kreisklasse wieder, trotz mehrerer Proteste der Vereinsführung.

Unter der Führung des neuen Handballobmann Peter Kluth wurde wiederum die Meisterschaft und der Aufstieg in die Bezirksklasse errungen. Zwischenzeitlich vergrößerte sich die Abteilung auf vier Senioren- und zwei Jugendmannschaften.

Ein besonderer Erfolg war das Pokalvorrundenschlussspiel in Aachen gegen die damalige deutsche Spitzenmannschaft Alemannia.

Nur dadurch, dass der Aachener Schiedsrichter das Spiel 5 min. zu früh abpfiff, wurde eine Sensation vor 5000 Zuschauen vermieden.

Das Spiel endete 7:6 für die Aachener.

In den kommenden Jahren spielte die 1.Herren immer wieder im oberen Drittel mit und erreichte zwischen den Jahren 1932-1936 den erneuten Aufstieg in die Gauliga.

Im Jahr 1936/37 wurde vermehrt auf den Nachwuchs gesetzt, so dass sich die Abteilung um drei Jugend- und zwei Schülermannschaften auf nun 9 Mannschaften vergrößerte.

Der Krieg gebot dann dem weiteren Aufstreben der Handballer Einhalt. Paul Keller hatte die undankbare Aufgabe den Handballbetrieb ab 1941, so gut wie möglich aufrecht zu erhalten.

Als dann 1945/46 die ersten wieder im Weidenpescher Park zurückfanden, war es Gustel Lauterbach, der die neuen Aufbauarbeiten übernahm. Mit einem Mitgliederbestand von 112 Aktiven wurde die Saison abgeschlossen.

Erstmalig trat der Verein mit einer Damenmannschaft an die Öffentlichkeit. Im darauffolgenden Jahr war die Abteilung auf 172 Aktive und 10 Mannschaften angewachsen. Zu dieser Zeit die stärkste Handballabteilung im Gau-Bereich.

Die Damenmannschaft u.a. mit Fräulein Inge Männer und Trude Dufrenne, die sich auch über den Rheinbezirk als Torhüterin einen Namen gemacht hat, errang die Gruppenmeisterschaft in ihrer Klasse.

Bis 1972 wurden alle Spiele als Feldhandballspiele ausgetragen. Ab 1975 wurden die letzten Feldhandballspiele ausgetragen und danach ausschließen als Hallenhandballspiele.

In den 70er Jahren hatte sich der VfL Köln 99 im Handballverband Mittelrhein einen Namen gemacht, so spielte die Herren seiner Zeit in der Verbandsliga (Saison 1978).

Ab den 90er Jahren wuchs die 1.Damenmannschaft zum Aushängeschild der Handballabteilung heran.

Der Höhepunkt war die Teilnahme an der Regionalliga und der Kampf um die Westdeutsche Meisterschaft.

Im Jahr 1997 war der traurigste Tag der Geschichte der Handballabteilung. Die zu diesem Zeitpunkt an der Tabellenspitze stehenden Damen erfuhren kurz vor dem Spiel beim VfL Gummersbach, dass der Verein die für die kommende Saison erforderliche Summe von 20.000,-DM nicht aufbringen kann und die Mannschaft entsprechend zurückziehen werden.

Die meisten Damenspielerinnen zog es dann zum TuS Königsdorf und 1.FC Köln.

Bei den VfL-Handballer wurde es die nächsten Jahre etwas ruhiger. Durch den Abgang der Spielerinnen fand sich die 1.Damen ab dem Jahr 2009 dann in der untersten Klasse (Kreisklasse) des Handballkreis Köln/Rheinberg wieder. Im Herren und Jugendbereich gab es ab diesem Zeitpunkt keine Mannschaften mehr.

Seit der Saison 2012/2013 spielt die 1.Damen im Bereich der Kreisliga, mit einer Zwischensaison in der Kreisklasse (2013/2014).  

Im Juli 2013 erfolgte die Umbenennung des Hauptvereines zum heutigen 1.FSV Köln 1899.

Im Jahr 2015/16 konnte der 1.FSV Köln 1899 erstmal wieder eine Herrenmannschaft und eine zweite Damen melden.

Die Herren erreichten in den Jahren 2017/2018 und 2018/2019 zwei Aufstiege und traten in der Saison 2019/2020 erstmal in der 2.Kreisklasse an. Die 1.Damen landete in dieser Saison im Mittelfeld und die 2.Damen erreichte den 8.Platz der Kreisklasse.

Im Jahr 2019 konnte der 1.FSV Köln erstmal wieder eine 2.Herrenmannschaft melden, die sehr erfolgreich in den Spielbetrieb startete.

Im Frühjahr 2020 brach dann die Corona-Pandemie aus, so dass der Spielbetrieb auf unbestimmte Zeit für alle Vereine eingestellt werden musste. Durch die Pandemie hatten die Herren leider einige Abgänge zu verzeichnen, so dass die 2.Herren nach nur einem Jahr wieder abgemeldet werden musste.

Durch die Pandemie entschied der Handballkreis, dass alle Ligen auf 16 Mannschaften aufgefüllt werden. Somit stieg die 1.Herren zum dritten Mal in Folge auf.

Die Saison 2020/2021 wurde auf Grund der Pandemie nicht gespielt.

2021 konnte nach langer Zeit endlich wieder ein einigermaßen geregelter Spielbetrieb durchgeführt werden.

Durch den erhöhten Aufstieg 2019 musste der Kreis eine Entscheidung treffen, wie man die Ligen wieder auf die Sollstärken bringen kann. So wurden Abstiegs- und Meisterrunden eingeführt. Da die Pandemie leider immer noch andauernd war, stiegen die Herren nach der Saison 2021/2022 wieder in die 2.Kreisklasse ab.

Die 1.Damen war in der Vorrunde sehr erfolgreich, wo man alle Spielen gewinnen konnte. Hier war nach mehr als 20 Jahren die Chance groß, dass wieder eine Mannschaft des 1.FSV Köln auf die HVM-Ebene wechseln könnte.

Leider verlor die 1.Damen das entscheidende Spiel am letzten Spieltag der Meisterrunde bei der 2.Damen des MTV Köln deutlich.

Der wohl schönste Tag für den 1.FSV Köln war, als der Anruf kam, dass sich einige Mädchen für den Handballsport interessieren und man nach mehr als 30 Jahren wieder eine Jugendmannschaft gründen konnte, die aktuell noch nicht am Spielbetrieb teilnimmt.

Im Jahr 2025 feiert die Handballabteilung des 1.FSV Köln 1899 (damals VfL Köln 99) ihr 100-jähriges-Bestehen.